1. Romans de jeunesse. Cinq titres précèdent le cycle des Rougon-Macquart : La Confession de Claude (1865), Le Voeu d’une morte (1866), Les Mystères de Marseille (1867), Thérèse Raquin (1867), Madeleine Férat (1868).
2. Les Rougon-Macquart. Vingt volumes composent ce cycle romanesque, qui est la partie la plus célèbre de l’oeuvre de Zola : La Fortune des Rougon (1871), La Curée (1872), Le Ventre de Paris (1873), La Conquête de Plassans (1874), La Faute de l’abbé Mouret (1875), Son Excellence Eugène Rougon (1876), L’Assommoir (1877), Une page d’amour (1878), Nana (1880), Pot-Bouille (1882), Au Bonheur des Dames (1883), La Joie de vivre (1884), Germinal (1885), L’Oeuvre (1886), La Terre (1887), Le Rêve (1888), La Bête humaine (1890), L’Argent (1891), La Débâcle (1892), Le Docteur Pascal (1893).
3. Derniers romans. On peut les regrouper dans un seul ensemble, dans la mesure où ils racontent l’histoire d’une même famille, les Froment : Les Trois Villes, avec Lourdes (1894), Rome (1896) et Paris (1898) ; et Les Quatre Evangiles, avec Fécondité (1899), Travail (1901) et Vérité (1902). Justice, le dernier épisode des Evangiles, n’a pu être écrit ; il est demeuré à l’état de projet.
4. Recueils de nouvelles. Zola en a publié quatre : Contes à Ninon (1864), Nouveaux Contes à Ninon (1874), Le Capitaine Burle (1882) et Naïs Micoulin (1884). A cette liste il faut ajouter les Esquisses parisiennes, ensemble de quatre nouvelles publiées en appendice du roman Le Voeu d’une morte (1866), et Les Soirées de Médan (1880), recueil collectif publié avec Joris-Karl Huysmans, Guy de Maupassant, Henry Céard, Léon Hennique et Paul Alexis, dans lequel Zola a donné «L’Attaque du moulin». Citons également Madame Sourdis, recueil posthume constitué par Eugène Fasquelle en 1929.
5. Théâtre. La situation est assez complexe, dans la mesure où se mêlent créations originales (tentées par Zola seul) et pièces réalisées en collaboration (avec la participation plus ou moins active de Zola). Différents genres littéraires interviennent : drames, comédies, pièces lyriques. Au total, on compte vingt-sept pièces.
a) Créations originales. Drames : Thérèse Raquin (Théâtre de la Renaissance, 1873), Renée (Théâtre du Vaudeville, 1887), Madeleine (Théâtre-Libre, 1889). Comédies : Les Héritiers Rabourdin (Théâtre de Cluny, 1874), Le Bouton de Rose (Théâtre du Palais-Royal, 1878).
b) Adaptations dramatiques réalisées en collaboration. Avec Marius Roux : Les Mystères de Marseille (Théâtre du Gymnase, Marseille, 1867 : texte non retrouvé). Avec William Busnach : L’Assommoir (avec la participation d’Octave Gastineau, Théâtre de l’Ambigu, 1879), Nana (Théâtre de l’Ambigu, 1881), Pot-Bouille (Théâtre de l’Ambigu, 1883), Le Ventre de Paris (Théâtre de Paris, 1887), Germinal (Théâtre du Châtelet, 1888).
c) Adaptations dramatiques autorisées par Zola. Jacques Damour (adaptation de Léon Hennique, Théâtre-Libre, 1887), Tout pour l’honneur (Henry Céard, Théâtre-Montparnasse, 1887), Une page d’amour (Charles Samson, Théâtre de l’Odéon, 1893), Au Bonheur des Dames (Charles Hugot et Raoul de Saint-Arroman, Théâtre du Gymnase, 1896), Pour une nuit d’amour (Jane de La Vaudère, Théâtre du Grand-Guignol, 1898), La Terre (adaptation de Charles Hugot et Raoul de Saint-Arroman, Théâtre Antoine, 1902).
d) Pièces lyriques. En collaboration avec Louis Gallet et Alfred Bruneau : Le Rêve (Opéra-Comique, 1891), L’Attaque du Moulin (Opéra-Comique, 1893). Avec Alfred Bruneau : Messidor (Palais Garnier, 1897), L’Ouragan (Opéra-Comique, 1901), L’Enfant roi (Opéra-Comique, 1905 : pièce jouée après la mort de Zola).
e) Projets dramatiques (pièces non jouées). Comédies : Perrette (écrit en 1860), La Laide (écrit en 1862-1865). Pièces lyriques : Lazare (écrit en 1893), Violaine la chevelue (écrit en 1896), Sylvanire ou Paris en amour (écrit en 1902).
6. Recueils critiques.
a) Recueils publiés par Zola. Avant Les Rougon-Macquart : Mes Haines (1866), Mon Salon (1866, accompagné dans l’édition de 1879 de Edouard Manet, étude biographique et critique). Pendant la publication du cycle des Rougon-Macquart : Le Roman expérimental (1880), Le Naturalisme au théâtre (1881), Nos Auteurs dramatiques (1881), Les Romanciers naturalistes (1881), Documents littéraires (1881), Une campagne (1882). Après Les Rougon-Macquart : Nouvelle Campagne (1897), La Vérité en marche (1901).
b) Recueils critiques posthumes. Zola n’ayant publié en librairie qu’une partie de ses écrits journalistiques, plusieurs ensembles ont pu être composés par les éditeurs modernes, soit sous la forme de volumes isolés, soit à l’occasion des synthèses que représente la constitution des Oeuvres complètes. Certaines chroniques restent encore inédites, dispersées dans les journaux qui les ont accueillies. S’y ajoutent un grand nombre d’interviews, dont on commence à faire le recensement (voir les Entretiens avec Zola, choix d’interviews publié par Dorothy Speirs et Dolorès Signori, en 1990, aux Presses de l’Université d’Ottawa).
7. Correspondance. L’édition franco-canadienne en dix volumes (1978-1995), complétée par un volume de suppléments (publié en 2010), rassemble environ 4500 lettres. A cet ensemble s’ajoutent les deux volumes de la correspondance intime : les recueils des Lettres à Jeanne Rozerot et des Lettres à Alexandrine, publiés chez Gallimard en 2004 et 2014 (environ 500 lettres).
8. Poésies. Le corpus se limite à quatorze pièces de vers, datant des années de jeunesse (1858-1861).
9. Photographies. Sur l’ensemble des photographies réalisées entre 1894 et 1902, environ 2000 clichés nous sont parvenus. La Médiathèque de l’Architecture et du patrimoine (MAP) dispose d’une collection de plus de 1500 clichés qui ont été numérisés et ont été mis ligne sur le site de la Plateforme ouverte du Patrimoine (POP).
10. Manuscrits
a) Manuscrits des romans. La Bibliothèque nationale possède ceux des Rougon-Macquart et des Quatre Evangiles, remis par Alexandrine Zola en 1904. La Bibliothèque Méjanes d’Aix-en-Provence détient, de son côté, les manuscrits des Trois Villes, légués également par Alexandrine à la même date. Un seul manuscrit a été écarté du don fait à la Bibliothèque nationale, celui de Nana, qui se trouve à la Pierpont Morgan Library de New York.
Le manuscrit de La Fortune des Rougon est incomplet. Sur les trente et un romans écrits par Zola, la Bibliothèque nationale et la Bibliothèque Méjanes conservent vingt-cinq manuscrits complets : vingt et un sont accompagnés de leurs épreuves corrigées, et six d’un jeu d’épreuves mises en pages.
b) Dossiers préparatoires. Il s’agit des notes rédigées par Zola au moment de la composition de ses romans : esquisses, plans, résumés documentaires, fiches concernant les personnages, etc. Ces dossiers sont répartis entre la Bibliothèque nationale (pour Les Rougon-Macquart et les Evangiles) et la Bibliothèque Méjanes (pour Les Trois Villes), conformément aux choix fait par Alexandrine Zola en 1904.
Avec le texte des romans, les dossiers forment, à la Bibliothèque nationale, un ensemble de 91 volumes, qui est conservé au Département des Manuscrits (Nouvelles Acquisitions françaises, cotes 10265 à 10355). Un seul est incomplet, celui du Docteur Pascal dont une partie se trouve à la Bibliothèque Bodmer de Coligny, en Suisse. Les notes concernant les romans de jeunesse ne nous sont pas parvenues.